Een atol was ooit een vulkaan, maar door de tijd is de vulkaan weggezakt, enkel een klein deel van de flanken staat in sommige gevallen nog. Het meer dat zich in het midden, tussen de oude vulkaan-flanken, bevindt noemt men het lagune.
Wanneer het lagune volledig gesloten is door de oude vulkaan-flanken kan het water hierin zouter of zoeter zijn.
Het rif op de vulkaan-flanken aan de lagunekant noemt men het binnnenrif. Buitenrif is de naam van het rif dat aan de zeekant ligt en dit is meestal rijkelijk begroeid door steenkoralen.